FreeBSD brinda compatibilidad binaria con Linux. En este momento, usted debe estarse preguntando ¿exactamente porqué FreeBSD necesita ser capaz de ejecutar binarios de Linux? La respuesta a esta pregunta es realmente sencilla. Muchas compañías y desarrolladores únicamente desarrollan para Linux, debido a que es la última "novedad" en el mundo de la computación. Esto deja al resto de nosotros, usuarios de FreeBSD, molestando a estas mismas compañías y desarrolladores para que emitan versiones nativas de FreeBSD de sus aplicaciones. El problema es, que la mayoría de estas compañías no se dan cuenta de cuántas personas podrían usar su producto si hubiera versiones para FreeBSD también, y la mayor parte continúan desarrollando sólo para Linux. Así que ¿Qué tiene que hacer un usuario de FreeBSD? Aquí es donde la compatibilidad binaria con Linux del FreeBSD entra en juego. En resumen, la compatibilidad le permite a los usuarios de FreeBSD correr cerca del 90% de todas las aplicaciones Linux sin modificación.

Hay, sin embargo, algunas funciones específicas del sistema operativo Linux que no son soportadas bajo FreeBSD. Los binarios de Linux no trabajarán en FreeBSD si usan demasiado el sistema de archivos /proc (el cual es diferente al sistema de archivos /proc de FreeBSD), o llamadas específicas de i386, tales como habilitar el modo virtual 8086.