FreeBSD bietet Linux-Binärkompatibilität. Nun könnten Sie sich fragen, warum FreeBSD in der Lage sein muss, Linux-Binärprogramme auszuführen? Die Antwort auf diese Frage ist sehr einfach. Viele Unternehmen und Entwickler programmieren bzw. entwickeln nur für Linux, da es ``das Neueste und Beste'' in der Computerwelt ist. Für uns FreeBSD-Anwender heißt dies, genau diese Unternehmen und Entwickler zu bitten, FreeBSD-Versionen ihrer Programme herauszubringen. Das Problem dabei ist nur, dass die meisten dieser Firmen trotzdem nicht erkennen, wie viele zusätzliche Anwender ihre Produkte benutzen würden, wenn es auch FreeBSD-Versionen gäbe, und daher weiterhin ausschließlich für Linux entwickeln. Was also kann ein FreeBSD-Anwender tun? Genau an diesem Punkt kommt die Linux- Binärkompatibilität ins Spiel. Um es auf den Punkt zu bringen, genau diese Kompatibilität erlaubt es FreeBSD-Anwendern, etwa 90 % aller Linux-Anwendungen ohne Code-Änderungen zu verwenden.

Allerdings gibt es nach wie vor einige Linux-spezifische Betriebssystem-Eigenschaften, die unter FreeBSD nicht unterstützt werden. Linux-Anwendungen, die in großem Stil das Linux-/proc-Dateisystem verwenden, werden unter FreeBSD nicht funktionieren, da sich dieses vom FreeBSD-/proc-Dateisystem unterscheidet. Auch i386-spezifische Aufrufe dieser Linux-Anwendungen (wie z.B. die Aktivierung des virtuellen 8086-Modus) funktionieren unter FreeBSD leider nicht.